沼气池发酵后就是有机肥料，可以有效的应用于果树。就以苹果为例。
    苹果开花前施用利于催苹果发芽开花。一般的施用时间是2月上旬至3月下旬（根据不同果树、不同品种的花期而定），施肥量占全年施肥量的25%。每株施入沼渣25千克或沼液50千克左右，另加硼砂0.3千克，迅速覆土（若沼肥不足，应补足氮、磷、钾肥）。同时用经双层纱布过滤的沼液，对树冠进行喷施，每10天左右喷施一次。
    开花期间施用沼气肥料利于果树促进果实饱满。每年果树的开花和花后果实的生长，均需要较多的养分，此时的施肥量占全年施肥量的50%。每株施入沼渣50千克或沼液100千克左右，另加0.5千克磷酸二氢钾（树势弱，沼肥又不足的，需用化肥补足）。同时还要对树冠叶面喷施沼液，每隔10天喷施一次，效果更佳。
    重施采后“还阳肥”。所谓的“还阳肥”就是果实采摘后，保障果实越冬的肥料。应选择在果树采收后，一般在10月底前进行，用量占全年施肥量的25%。每株施沼渣25千克或沼肥50千克（可根据当年果实数量和树冠大小适当增减），另可将硼砂按常量与沼渣混合施入。
    简析沼气肥料含有的养分：富含有氮、磷、钾大量元素，同时含有硼、铜、铁、锰、钙、锌等微量元素，还有大量的有机质、多种氨基酸和维生素等。另外施用沼肥还能显著改良土壤，确保果树生长所需的良好微生态环境，有利于增强其抗冻抗旱能力，减少病虫害。