苹果树根部一般多发生病害，那么园址应选择排灌系统良好，土层深厚，土壤肥沃的地方。避免在老果园、林地。特别要避免在杨柳、刺槐等生长过的地方建园，这些地方的土壤中含有使苹果根系发病的病菌，如果必要要在此类地点种植果树，那么至少要轮作农作物2年，然后再栽植果树。而且，要尽量避免用杨柳、刺槐作苹果园的防护林，用以防止它们的根系进入园内传染病害。砧木还要选用适合当地土壤、气候条件的砧木。防治方法主要可以分为物理防治和防治。
    一、物理防治方法
    1、晾根　扒开土层使根部暴露。
    2、刮丝　对初发生的病树要及时刮除病部的病斑、菌丝体。
    3、剪除烂根　对病树的烂根要及时剪除销毁。
    二、防治
    用五氯酚钠50倍液、退菌特400倍液、50％多菌灵600倍液、硫酸铜200倍液、70％甲基硫菌灵800倍液浇灌树盘。已死亡的病株及时挖除，并用10％的甲醛或五氯酚钠50倍液灌穴进行土壤。